Hô hấp ký là gì? Các công bố khoa học về Hô hấp ký

Các gen thụ thể tyrosine kinase đã được giải trình tự trong ung thư phổi không tế bào nhỏ (NSCLC) và mô bình thường tương ứng. Đột biến soma của gen thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì\n EGFR đã được phát hiện trong 15 trong số 58 khối u không được lựa chọn từ Nhật Bản và 1 trong số 61 từ Hoa Kỳ. Điều trị bằng chất ức chế kinase nach EGFR gefitinib (Iressa) gây thoái lui khối u ở một số bệnh nhân NSCLC, thường xuyên hơn ở Nhật Bản.\n EGFR Đột biến đã được tìm thấy trong các mẫu ung thư phổi bổ sung từ bệnh nhân Hoa Kỳ phản ứng với liệu pháp gefitinib và trên một dòng tế bào ung thư biểu mô tuyến phổi rất nhạy cảm với sự ức chế tăng trưởng của gefitinib, nhưng không có trong các khối u hoặc dòng tế bào không nhạy cảm với gefitinib. Những kết quả này cho thấy rằng\n EGFR đột biến có thể dự đoán độ nhạy cảm với gefitinib.

IQ-TREE (http://www.iqtree.org, truy cập lần cuối vào ngày 6 tháng 2 năm 2020) là một gói phần mềm thân thiện với người dùng và được sử dụng rộng rãi cho suy luận phát sinh chủng loài dựa trên tiêu chí cực đại x-likelihood. Kể từ khi phát hành phiên bản 1 vào năm 2014, chúng tôi đã liên tục mở rộng IQ-TREE để tích hợp nhiều mô hình mới về sự tiến hóa của trình tự và các phương pháp tính toán hiệu quả cho suy luận phát sinh chủng loài nhằm xử lý dữ liệu hệ gen. Trong bài viết này, chúng tôi mô tả những tính năng nổi bật của phiên bản IQ-TREE 2 và nhấn mạnh những ưu điểm quan trọng so với các phần mềm khác.

Chúng tôi đã tìm cách tạo ra một danh mục đầy đủ các gen của nấm men có mức độ phiên mã thay đổi theo chu kỳ trong chu kỳ tế bào. Để đạt được mục tiêu này, chúng tôi sử dụng microarray DNA và các mẫu từ các nền nuôi cấy nấm men được đồng bộ hóa bằng ba phương pháp độc lập: dừng bằng yếu tố α, phương pháp tách lọc, và dừng đồng bộ một đột biến nhạy với nhiệt độ cdc15. Sử dụng các thuật toán chu kỳ và tương quan, chúng tôi đã xác định 800 gen đáp ứng tiêu chí tối thiểu khách quan về điều hòa chu kỳ tế bào. Trong các thí nghiệm riêng biệt, được thiết kế để kiểm tra tác dụng của việc kích thích cyclin G1 Cln3p hoặc cyclin loại B Clb2p, chúng tôi phát hiện ra rằng mức mRNA của hơn một nửa số gen này phản ứng với một hoặc cả hai loại cyclin này. Hơn nữa, chúng tôi đã phân tích tập hợp gen điều hòa chu kỳ tế bào của mình để tìm các phần tử khởi động đã biết và mới và cho thấy rằng nhiều phần tử được biết đến (hoặc biến thể của chúng) chứa thông tin dự đoán về điều hòa chu kỳ tế bào. Mô tả đầy đủ và tập dữ liệu hoàn chỉnh có sẵn tại http://cellcycle-www.stanford.edu

Xác thực phương pháp là một trong những biện pháp được toàn cầu công nhận là phần cần thiết của một hệ thống bảo đảm chất lượng toàn diện trong hóa phân tích. Trong quá khứ, ISO, IUPAC và AOAC Quốc tế đã hợp tác để sản xuất các giao thức hoặc hướng dẫn đã được thống nhất về "Thiết kế, thực hiện và giải thích các nghiên cứu hiệu suất phương pháp" [1], về "Kiểm tra năng lực của các phòng thí nghiệm phân tích (hóa học)" [2], về "Kiểm soát chất lượng nội bộ tại các phòng thí nghiệm hóa phân tích" [3], và về "Việc sử dụng thông tin thu hồi trong phép đo phân tích" [4]. Nhóm làm việc sản xuất các giao thức/hướng dẫn này hiện đã được IUPAC giao nhiệm vụ chuẩn bị hướng dẫn về xác thực phương pháp phân tích tại một phòng thí nghiệm. Các hướng dẫn này cung cấp các khuyến nghị tối thiểu về các quy trình cần thực hiện để đảm bảo xác thực đầy đủ các phương pháp phân tích.

Một bản nháp của các hướng dẫn đã được thảo luận tại một Hội Nghị Quốc Tế về Hài Hòa Hệ Thống Bảo Đảm Chất Lượng trong Phòng Thí Nghiệm Hóa Học, và biên bản của hội nghị đã được xuất bản bởi Hội Hóa Học Hoàng Gia Anh.

Các biên độ Feynman, được xem như hàm số của khối lượng, thể hiện nhiều kỳ dị khi cho phép khối lượng của các đường nội và ngoại giảm xuống không. Trong bài viết này, các đặc tính của những kỳ dị khối lượng này, được định nghĩa là các nghiệm bất thường của điều kiện Landau, được nghiên cứu chi tiết. Một phương pháp chung được phát triển, cho phép chúng ta xác định mức độ phân kỳ của các biên độ Feynman chưa được chỉnh lý tại những kỳ dị như vậy. Nó cũng được áp dụng để xác định sự phụ thuộc vào khối lượng của xác suất chuyển trạng thái tổng thể. Qua đó, người ta nhận thấy rằng, mặc dù các xác suất chuyển trạng thái từng phần có thể có phân kỳ liên quan đến việc khối lượng của các hạt ở trạng thái cuối cùng biến mất, chúng luôn triệt tiêu lẫn nhau trong quá trình tính toán tổng xác suất. Tuy nhiên, sự triệt tiêu này bị phá vỡ một phần nếu quá trình điều chỉnh điện tích được thực hiện theo cách thông thường. Điều này liên quan đến thực tế là các hạt tương tác mất đi tính đồng nhất khi khối lượng của chúng bằng không. Một mô tả mới của trạng thái và một cách tiếp cận mới cho vấn đề điều chỉnh có vẻ như cần thiết cho một cách xử lý nhất quán của giới hạn này.

Nếu chúng ta lấy một đường cong đại diện cho một hàm dao động điều hòa đơn giản theo thời gian và chồng lên các trục tung các lỗi ngẫu nhiên nhỏ, hiệu ứng duy nhất là khiến đồ thị trở nên không đều, nhưng vẫn giữ lại sự gợi ý về chu kỳ rõ ràng cho mắt nhìn. Hình 1 ( a ) cho thấy một đường cong như vậy, các lỗi ngẫu nhiên đã được xác định bằng các lần ném xúc xắc. Nếu các lỗi được tăng cường độ, như trong hình 1 ( b ), đồ thị trở nên không đều hơn, gợi ý về chu kỳ trở nên mờ nhạt hơn và chỉ cần đủ tăng cường các “lỗi” để hoàn toàn che khuất bất kỳ dấu hiệu nào về chu kỳ. Nhưng, bất kể các lỗi có lớn đến mức nào, phân tích periodogram vẫn áp dụng được cho một đường cong như vậy, và, nếu có đủ số lượng chu kỳ, nó nên cung cấp một gần đúng chính xác về chu kỳ và biên độ của hàm dao động tiềm ẩn. Khi phân tích periodogram được áp dụng cho dữ liệu liên quan đến bất kỳ hiện tượng vật lý nào với kỳ vọng sẽ tìm ra một hoặc nhiều chu kỳ thực, thường có, theo ý kiến của tôi, một xu hướng bắt đầu từ giả thuyết ban đầu rằng chu kỳ hoặc các chu kỳ bị che khuất chỉ bởi những sóng dao động ngẫu nhiên chồng lên - những biến động không làm xáo trộn bất kỳ cách nào đến quá trình ổn định của hàm chu kỳ tiềm ẩn hoặc các hàm. Thật vậy, chính bản thân periodogram sẽ chỉ ra sự thật hoặc ngược lại của giả thuyết đã đặt ra, nhưng dường như không có lý do gì để giả định nó là giả thuyết rất có thể trước đó a priori.

Lindell và Whitney đã giới thiệu một kỹ thuật tương quan cục bộ, bây giờ được gọi là kỹ thuật đánh dấu tương quan, nhằm kiểm soát biến thiên phương pháp bằng cách sử dụng một biến đánh dấu mà lý thuyết không có liên quan đến các biến chính trong một nghiên cứu. Bài báo này (a) trước tiên tổng quan kế hoạch phân tích cụ thể của họ, và sau đó (b) xem xét các nghiên cứu thực nghiệm đã tuân theo toàn bộ hoặc một phần của kế hoạch này. Các tác giả cũng (c) mô tả một phương pháp phương trình cấu trúc đã được áp dụng để phân tích các biến đánh dấu và (d) xem xét các nghiên cứu thực nghiệm sử dụng phương pháp phân tích này. Tiếp theo, các tác giả (e) phát triển một kế hoạch phân tích kỹ thuật đánh dấu CFA toàn diện, và (f) minh họa kế hoạch này bằng một ví dụ thực nghiệm. Cuối cùng, các tác giả (g) mô tả cách các biến đánh dấu có thể được xem xét cùng với các quy trình biến thiên phương pháp khác, (h) thảo luận về vai trò quan trọng của lý thuyết trong bước quan trọng của việc lựa chọn các biến đánh dấu, và (i) thảo luận về các giả định cũng như giới hạn của Kỹ Thuật Đánh Dấu CFA Toàn Diện.

Một phương pháp mới được trình bày, trong đó sắc ký khí kết hợp với khối phổ (GC–MS) cho phép phát hiện định lượng và định tính hơn 150 hợp chất trong củ khoai tây, với độ nhạy và tính đặc trưng cao. Trái ngược với các phương pháp khác được phát triển để phân tích chuyển hóa trong hệ thống thực vật, phương pháp này đại diện cho một cách tiếp cận không thiên vị và mở để phát hiện những thay đổi bất ngờ trong mức độ chuyển hóa. Mặc dù phương pháp này là sự thỏa hiệp cho một loạt các chất chuyển hóa về mặt chiết xuất, biến đổi hóa học và phân tích GC–MS, nhưng đối với 25 hợp chất chuyển hóa được phân tích chi tiết, tỷ lệ thu hồi được tìm thấy nằm trong khoảng được chấp nhận chung là 70–140%. Hơn nữa, tính tái lập của phương pháp rất cao: sai số xảy ra trong các quy trình phân tích được tìm thấy là dưới 6% cho 30 trong số 33 hợp chất được thử nghiệm. Sự biến đổi sinh học vượt quá sai số hệ thống của phân tích với tỷ lệ lên đến 10 lần. Phương pháp này cũng phù hợp cho việc mở rộng quy mô, có khả năng cho phép phân tích đồng thời một số lượng lớn mẫu. Như một ví dụ đầu tiên, phương pháp này đã được áp dụng cho củ khoai tây trồng trong đất và in vitro. Do phân tích đồng thời một loạt các chất chuyển hóa, điều rõ ràng ngay lập tức là các hệ thống này khác biệt đáng kể về mặt chuyển hóa. Hơn nữa, việc nhận biết song song nhiều đường dẫn cho phép rút ra một số kết luận về sự khác biệt sinh lý cơ bản giữa hai hệ thống củ này. Như một ví dụ thứ hai, các dòng biến đổi gen được sửa đổi trong chuyển hóa sucrose hoặc tổng hợp tinh bột đã được phân tích. Ví dụ này minh họa sức mạnh của một cách tiếp cận không thiên vị trong việc phát hiện những thay đổi bất ngờ trong các dòng biến đổi gen.